Sektori i Regjistrave është kompetent për punët dhe detyrat në vijim: 

• krijimin dhe përditësimin e regjistrave të nevojshëm për zbatimin e Sistemit të Integruar të Kontrollit Administrativ (SIKA)
• vendosja, përditësimi dhe kujdesi për funksionimin efikas të bazës së çmimeve referuese, Regjistri i Vetëm i Ekonomive Bujqësore (RVEB) dhe Sistemi i Identifikimit të Parcelave Bujqësore (SIPB)
• lidhja dhe koordinimi në Regjistrin e Identifikimit dhe regjistrimin e kafshëve dhe regjistra të tjerë të jashtëm, 
• përgatitja e raporteve periodike dhe vjetore për punën në sektor, 
• bashkëpunimi me sektorët e tjerë në Agjenci,  
• bashkëpunimi me organet e tjera të administratës shtetërore, 
• bashkëpunimi me sektorin privat nga fusha e TIK-së dhe
• bashkëpunimi me institucionet relevante vendore dhe të huaja për punët e kompetencës së saj.