Sektori i Revizionit të Brendshëm është përgjegjës për organizimin, realizimin dhe koordinimin e revizionit të brendshëm në Agjenci, në bazë të analizës përcakton zonat kritike, që janë lëndë e revizionit dhe i siguron drejtorit të Agjencisë ndihmë këshilluese për zvogëlimin e tyre, kryen kontrollin e saktësisë dhe plotësinë e evidencës së kontabilitetit dhe raportet financiare e përcaktimin e vlerësimit të harmonizimit të punës së Agjencisë me ligjet, aktet nënligjore dhe aktet e brendshme të Agjencisë, ndjekjen e realizimit të masave të marra nga ana e drejtorit të Agjencisë në bazë të raportit revizor. Për realizimin e aktiviteteve të mësipërme, Sektori i Revizionit bashkëpunon në mënyrë aktive me autoritetet e jashtme  kombëtare të revizionit  të BE-së.