Секторот за внатрешна ревизија е одговорна за организирање, спроведување и координирање на внатрешната ревизија во Агенцијата, врз основа на анализа определува критични подрачја кои се предмет на ревизија и обезбдува советодавна помош на директорот на Агенцијата за намалување на истите, врши проверка на точноста и целосноста на сметководствената евиденција и финансиските извештаи и утврдување и оценување на усогласеноста на работењето на Агенцијата со законите, подзаконските акти и интерните акти на Агенцијата, следење на спроведувањето на преземените мерки од страна на директорот на Агенцијата врз основа на ревизорскиот извештај.
Заради извршување на горенаведените активности, Секторот за ревизија активно соработува со надворешни национални и ЕУ ревизиски авторитети.