Sektori i Kontrollit, si njësi organizative e brendshme e pavarur, është përgjegjëse për kryerjen e kontrolleve në vend të kërkuesit ose shfrytëzuesit të mbështetjes financiare me qëllim përcaktimin e gjendjes faktike, edhe atë përpara miratimit të projekteve, para kryerjes së pagesave, kontrolleve ex-post, si dhe kontrolle shtesë sipas nevojës dhe pas paraqitjeve për të parandaluar parregullsitë.