Секторот за контрола, како независна внатрешна организациона единица е одговорна за вршење на контроли на лице место на барателот или корисникот на финансиска поддршка заради утврдување на фактичката состојба и тоа пред одобрување на проекти, пред вршење на исплата, ex-post контроли, како и дополнителни контроли по потреба и по пријави со цел да се превенираат нерегуларности.