Departamenti për punë të përgjithshme dhe arkivore, i cili është përgjegjës për kryerjen e punëve zyre dhe arkivore të Agjencisë,

Departamenti për çështje juridike, i cili ofron mbështetje juridike për njësitë organizative në Agjenci në lidhje me zbatimin e masave të financuara nga buxheti i Bashkimit Evropian dhe buxheti i Republikës së Maqedonisë së Veriut,

Departamenti për prokurim publik i cili kujdeset për prokurimin publik në Agjenci dhe përgatitjen e planit vjetor për prokurim publik si dhe përgatitjen e kontratave për prokurim publik.