Секторот за информатичка и комуникациска технологија (СИКТ) е надлежен за воспоставување, развој и управување на ИКТ системот на Агенцијата во согласност со законодавството на Република Македонија, Европската Унија и прифатените меѓународни стандарди, креирање и одржување на бази на податоци за потребите на Агенцијата, како и преземање на мерки за заштита на ИКТ системот на Агенцијата.
Со цел зголемување на ефикасноста на работата на Агенцијата во делот на спроведување на мерките за земјоделска политика и политика за рурален развој , СИКТ изработува софистицирани софтверски решенија прилагодени кон ЕУ стандардите.