Sektori i Miratimit të Pagesave është kompetent për realizimin e Programit Kombëtar të mbështetjes financiare të zhvillimit rural, ndërsa pas marrjes së akreditimit nga Bashkimi Europian, do t'i realizojë edhe masat e programit operativ IPARD 2007-20103.
Për shkak të realizimit të suksesshëm të aktiviteteve të lartpërmendura, sektori është përgjegjës për kontrollin e kërkesave të pagesës, përcaktimin e plotësisë dhe përshtatshmërisë së dokumentacionit të dorëzuar financiar, analizën e rezultateve të kontrollit të kryer në vend, miratimin e vendimit të pagesës, si dhe mbikëqyrjen mbi projektin pesë vjet pas pagesës.