Qëllimi kryesor i Sektorit të Çështjeve Financiare është kryerja e pagesave në bazë të masave të Programeve Kombëtare dhe masave të programit operacional IPARD 2007-2013. Krahas pagesave mbahet paralelisht edhe evidentimi i kontabilitetit të zërave të buxhetit që paguhen përmes AMFBZhR-së. Aktivitetet themelore në Sektorin e Çështjeve Financiare kryhen në bazë të programit softuerik të vendosur më së miri për kryerjen e pagesave, mbajtjen e kontabilitetit dhe përgatitjen e raporteve nga fusha e punës financiare dhe e kontabilitetit të AMFBZhR-së.