Основна цел на Секторот за финансиски прашања е извршување на исплати по основ на мерките од Националните Програми и мерките на ИПАРД оперативната програма 2007-2013 година. Покрај плаќањата, паралелно се води и сметководствено евидентирање на буџетските ставки кои се исплаќаат преку АФПЗРР. Основните активности во Секторот за финансиски прашања се извршуваат врз основа на најадекватно воспоставена софтерска програма за извршување на исплати, водење на сметководство како и подготовка на извештаи од доменот на финансиското и сметководственото работење на АФПЗРР.