Секторот за директни плаќања во земјоделството е надлежен за спроведување на мерките за директни плаќања во земјоделството, спроведување на мерките за поддршка на регионите со отежнати услови за стопанисување и спроведување на агроеколошки мерки.
Имајќи ја во предвид бројноста и обемноста на меркирте за дирекни плаќања, заради поедноставена обработка на барањата за финансиска поддршка во 2009 година приемот на барањата за финансиска поддршка и првата административна контрола ќе се врши во подрачните единици на Министерството за земјоделството, шумарство и водостопанство (во натамошниот текст ПЕ), кои работат согласно постапките на работа кои им се доставени од страна на АФПЗРР. Барањата примени од ПЕ ќе бидат проследени до АФПЗРР која ќе врши понатамошна административна контрола, одобрување на исплата на соодветни и комплетни барања, како и нивно архивирање.
Заради овозможување на соодветна обработка на сите примени барања со помош на информатички систем во тек е подготовка на софтер.